Afyon Kocatepe Üniversitesine bağlı Sağlık Bilimler Enstitüsünün kurulmasına ilişkin kanun, 16 Ocak 2001 tarih ve 24289 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.
Sağlık Bilimleri Enstitüsü 2001 yılında kurulmuş, 2001-2002 eğitim-öğretim yılında Tıp Fakültesi; Biyokimya Anabilim Dalı, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı ve Afyon Sağlık Yüksekokulu; İç Hastalıkları Hemşireliği, Cerrahi Hastalıkları Hemşireliği yüksek lisans programları 30 öğrenci ile öğretime başlamıştır.
Enstitü 19 tezli yüksek lisans, 8 tezsiz yüksek lisans ve 18 doktora olmak üzere toplam 45 lisansüstü programlarıyla eğitime devam etmektedir.