Afyon Kocatepe Üniversitesine bağlı Sağlık Bilimler Enstitüsünün kurulmasına ilişkin kanun, 16 Ocak 2001 tarih ve 24289 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe girmiştir.
Afyon Kocatepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü 21.02.2001 tarihinde kurulmuş ve Göğüs Hastalıkları Hastanesi arkasındaki Sağlık Yüksekokulu binası 5. katta hizmete başlamıştır. Enstitü, Biyokimya (Tıp), Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji (Tıp), Cerrahi Hastalıkları Hemşireliği, İç Hastalıkları Hemşireliği, olmak üzere 4 Yüksek Lisans programı ile 2001/2002 eğitim-öğretim yılında öğrenci alarak eğitime başlamıştır.
Tıp Fakültesi bünyesinde açılan programlar 18 Mayıs 2018 tarihinde Afyon Sağlık Bilimleri Üniversitesinin kurulması ile ilgili üniversiteye devredilmiştir.
Enstitümüz;
Veterinerlik Anatomisi
Veterinerlik Biyokimyası
Veterinerlik Cerrahisi
Veterinerlik Doğum ve Jinekolojisi
Dölerme ve Suni Tohumlama
Veterinerlik Farmakoloji ve Toksikolojisi
Veterinerlik Fizyolojisi
Veterinerlik Gıda Hijyeni ve Teknolojisi
Hayvan Besleme ve Beslenme Hastalıkları
Hayvan Sağlığı Ekonomisi ve İşletmeciliği
Veterinerlik Histoloji ve Embriyoloji
Veterinerlik İç Hastalıkları
Laboratuvar Hayvanları
Veterinerlik Medikal Biyoloji ve Genetik
Veterinerlik Mikrobiyoloji
Veterinerlik Parazitolojisi
Veterinerlik Patolojisi
Veterinerlik Virolojisi
Veterinerlik Zootekni
Beden Eğitimi ve Spor
Anabilim dallarında 18 Doktora, 19 Tezli Yüksek Lisans, 9 Tezsiz Yüksek Lisans ve 1 Tezsiz Yüksek Lisans ikinci öğretim programlarında eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.